（光绪二十五年己亥）
1月2日 （光绪二十四年十一月二十一日）公学首批派师范生章宗祥、雷奋及中院生杨荫杭、富士英、杨廷栋、胡礽泰6人留学日本，即日起程。为公学派遣留学生的开始。
2月（一月） 公学宣布“体育一事与中西各课一律并重”，聘请圣约翰书院吴澜之主持体育训练。
3月26日（二月十五日） 盛宣怀向清政府附奏：“南洋公学建院舍物料请免完厘税片”，陈明由其捐购上海县西门外徐家汇民地6公顷余，建造南洋公学院舍，现已兴工。今建造南洋公学料物事属官用，请准于免完厘税。4月6日（二月二十六日）皇帝朱批：“户部知道，钦此”。
3月（二月） 公学规定师范生的西课成绩平均90分以上者奖银2元，80分以上者奖银1元。成绩差或违犯校规者扣除津贴银。
3月（二月） 盛宣怀聘任由李鸿章举荐的张元济为译书院主任，张本月到任。
4月19日（三月初十） 何嗣焜总理发布学生奖励办法，强调“视中课、算学、英文三项积分而定，一项不及格者皆不奖。”同时公布学生奖励名单。此后，入学考试也以此三门课为主。
6月（五月） 外院第三次招收学生。其中蔡艮寅（蔡锷）以第6名成绩考入外院，在外院学习半年后，应梁启超之邀离开公学赴日本留学。
蔡锷（1882～1916） 中国的军事家，曾任云南、贵州都督、四川督军兼省长，1915年曾兴兵讨伐袁世凯。
7月（六月） 张元济给盛宣怀呈报译书院译书情况：已经译出《日本军政要略》、《战术学》、《军队内务》、《作战粮食给与法》、《军队给与法》、《陆军学校章程汇编》、《宪兵条例汇编》、《军队教育方针》8种兵书，计划翻译的兵书还有23种。
7月（六月） 提调李维格辞职，聘伍光建继任提调并兼师范院英文教习。伍光建为严复的高足弟子，留英国先学海军，后攻读物理，为翰林院编修，是颇负盛名的翻译家。
9月3日（七月二十八日） 掌教第一次聚议（公学第一次教务会议），拟定中院课程设置，排定中院课程表，讨论教学法等事项。其中，中院第二班、第三班、第四班各班，上午为华文，下午为英语、算学、格致，分别由中、西教习教授。
9月8日（八月初四） 盛宣怀批复，准予派钱恂兼任南洋公学留日学生监督职务。
10月1日（八月二十七日） 总理何嗣焜向全校发出亲笔布告，“师范班及各生有议行非学规章程所载之事务，须由师范班领班先行回明监院，听候酌商转请总理核准，再行举办为要。”
秋 外院学生大都升入中院，外院即取消，并将未能升入中院的外院学生编成一个班，称为外班。
秋 中院楼舍落成，建筑面积2100平方米，共支银49926两。全校迁入新校舍，并购买公学以南的民地1.33公顷，以扩充校舍。
冬公学举行第一次田径运动会，观者甚多，轰动全市。
本年 由福开森推荐的洋教习薛来西、勒芬迩来校任教。
除中院外，还建成了监院住房一所，支银6073两；洋教习住房两所，支银8060两。
本年 收招商局规元6万两，收电报局规元6万两。
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