1月26日（光绪二十七年十二月十七日） 盛宣怀向清廷呈奏“南洋公学推广翻辑政治法律诸书敬陈纲要”，汇报南洋公学推广翻译政治法律诸书的4条经验，即：先章程而后议论，宜先译日本法规；审流别而定宗旨，日、德国体与我相近，选日、德之法于我适宜而可用；正文字以一耳目；选课本以便教育。2月5日（十二月二十七日）奉皇帝朱批：“即著政务处、大学堂复议，钦此。”
1月26日（光绪二十七年十二月十七日） 盛宣怀附奏“请设商务学堂片”，拟在南洋公学之旁购地建造商务学堂一所，原拨天津学堂招商轮船局2万两、电报局2万元款，因天津学堂为德军所占，可将该款拨归上海商务学堂，如有不敷，由臣随时设法筹凑。2月5日（十二月二十七日）奉皇帝朱批：“知道了，钦此”。招商轮船、电报两局拨给北洋学堂的银两，全部拨到南洋公学被朝廷正式确认。事实上，从1900年夏季起轮、电两局支付天津学堂经费就开始解往南洋公学。
2月13日（正月初六） 清政府管学大臣张百熙在一个奏折中称：“查京外所设学堂，已历数年，办理有成效者，以湖北自强学堂、上海南洋公学为最”。
春 公学总理沈曾植调外务部任职，汪凤藻任代总理。
春 迁理化仪器于中院下层西南隅一个室，格致室改称为理化室。
夏 中院第二届毕业学生包光镛等10人，全部升入政治班学习。
8月15日（七月十九日）盛宣怀致函译书院主任张元济，拟派留日学成回国的学生雷奋、杨荫杭、杨廷栋3人留在南洋公学译书院内译书。
10月18日（九月十七日） 8月15日清政府管学大臣张百熙奏准“高等学堂章程”等6件章程，称为“钦定学堂章程”。因南洋公学创办时间早于该章程，需要按“钦定章程”予以定位。故盛宣怀10月18日上奏“南洋公学历年办理情形折”，报告了公学开办6年来的情况，请求按照“钦定高等学堂章程”，“明降谕旨准南洋公学卒业学生，照政务处礼部所拟‘学堂选举章程’一律办理，并明定该公学为‘南洋高等公学堂’。”10月30日（九月二十九日）奉皇帝朱批：“管学大臣议奏，钦此。”此事因管学大臣未予及时办理而被拖延。
10月18日（九月十七日） 盛宣怀向清政府附奏“资送学生出洋游学片”，报告其所设南洋公学及天津头等学堂已分次选择高等学生陈锦涛、章宗祥、胡鹏运、李福基、曾宗鉴、胡振平、赵兴昌、王宠佑、王宠惠、薛颂瀛、胡栋朝、严锦荣、吴烓灵、张煜全、谭天池、江维善、程锡培、王建祖、梁钜屏、徐田、吴治俭等21人，派赴英、美大学堂肄业，另有非南洋、北洋两学堂出身的10人，也被派赴英国肄业高等。
10月18日（九月十七日） 盛宣怀向清廷附奏“奏留奏派南洋公学总办提调片”，提出“拟由汪凤藻充任南洋公学总办，伍光建派充该学总提调”。10月30日（九月二十九日）奉皇帝朱批：“著照所请，该衙门知道，钦此”。汪凤藻由代理变为公学总理。
汪凤藻（1851～1918）清光绪进士，翰林院编修，致力于西学图书翻译，先后任驻俄、德、日3国参赞、代理大臣、大臣。
11月（十月） 从1901～1902.11，严复翻译亚当·斯密（AdamSmith）《国富论》定名为《原富》一书共10册，陆续由南洋公学译书院出版，书中附有张元济、郑孝柽所作中西编年、地名、物名各表。由张元济、严复亲自校勘过的《原富》出版清稿，至今仍保存在西安交通大学档案馆。
11月（十月） 南洋公学发生中国近代最早的一次学潮，被称为“墨水瓶事件”。其起因是某教师顽固守旧，禁示学生阅读新书和《新民丛报》等进步刊物，引起师生关系紧张。一天，因教室讲台上放了一个空墨水瓶，该教师认为是侵犯他的尊严，就建议校方开除了一名无辜学生，由此引起学生风潮，导致上百名学生被迫退学，特班主任蔡元培也愤然辞职。总理汪凤藻迫于学潮压力，辞职回家。《新民丛报》第21号一文称：“此中国学生社会一大劈头之大纪念也”。
11月（十月） 蔡元培主持发起成立“爱国学社”，由“墨水瓶事件”中失学的学生组成。蔡元培任总理，吴稚晖任学监，章太炎等为教员。后被迫解散。
12月（十一月） 总理汪凤藻辞职，由刘树屏继任；提调伍光建辞职，由张美翊继任。
刘树屏（1857～1917）清光绪进士，翰林院编修，安徽候补道，先后创办或主持常州致用精舍、皖南中学、澄衷学堂等新式学堂。
12月（十一月） 特班因学生退学过多而被迫停办。
12月（十一月） 附属高等小学迁入上院上课，72人分三个班进行教学。
本年 派出吴治俭去英国留学。
至本年公学有教员28人。其中：有科举出身的如蔡元培等，外籍教师如薛来西等，留学归国人员如伍光建等。
本年 收电报局规元4万两，收招商局规元7万两，收招商局解存商务学堂经费规元2万两，收电报局解存商务学堂经费英洋2万元。
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