春 设商务专科，为学校正式设立专科的开始，开设课程有：英文、法文、商品学、商法学、簿记、商运学、理财学、国际商法、国际公法、银行学、财政学、商业统计等20余门。
制定“商部高等实业学堂章程”，有：设学总义、学科程度、学堂考试等7章。分预科和专科，预科即中院，专科分商业、航海、机轮、电机4科。小学则另定“附属高等小学总章”。
储丙鹑兼任斋务长，周子衡任庶务长。
3月（二月） 派毕业生张承樾、范况、程承迈3人赴日本留学，庄裕荪赴英国留学，嵇芩孙、杨锦森2人赴美国留学。
5月（四月） 严复来学堂作“论实业教育”的演讲。他列举西欧各国实业迅速发展的事实，主张“中国今日自救之术，固当以实业教育为最急之务。”
7月 清政府学部第一次审定小学暂用书目102册，主要由商务印书馆、南洋公学等处出版。
夏 中院第七届毕业学生张谔等14人，小学第三届毕业学生董邦霖等20人。
9月 学堂新购土地2.67公顷。
秋设铁路工程班，为学校设立工科的开始。该班开设的课程有：数学、物理、化学、测量、建筑学、地质学、桥梁学、水利学等10余门。
12月（十一月） 教员沈庆鸿（别号心工）编印的《学校唱歌集》三集，在全国广泛流行（辛亥革命后又有《重编学校唱歌集》六集）。
冬 清政府决定设立邮传部，管理全国轮、电、邮、路4政。招商轮船、电报两局归邮传部管辖，本学堂也改隶邮传部，改名“邮传部上海高等实业学堂。”
本年 物理室扩大规模，改称物理试验室。
本年 商务专科学生发起成立“研究会”，开展西文图书阅读和英语练习活动。次年改为“工程学会”，为学校学生团体与学术组织的开端。
本年 附属小学校舍——南院在校址南面落成，共费银近20000两，小学迁入新校舍。南院为西式二层凹字形楼房。之后，又陆续建成风雨操场。
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