1月2日（光绪二十八年十二月初四） 盛宣怀照会公学总理刘树屏，转金匮县绅士华清泰拟议“整顿学堂条陈十则”。盛宣怀照会指出“所议各节未必尽是，确亦间有中肯之处，请查核议复施行。”该“条陈”建议公学严格管束学生，包括限制假日外出、通信自由等内容。
1月（光绪二十八年十二月） 改监院为斋务长，下设监学官、检查官。斋务长主要职责为“考验学生品行，管理学生宿舍，并稽核监学官、检查官的工作”，加强对学生的管理。
2月（一月） 招商轮船、电报两局改章，改由北洋大臣袁世凯管辖，公学经费骤减，依靠动用原有积存赖以维特。
2月（一月） 政治班因学潮而离散的学生回校，改设为商务班。
2月（一月） 盛宣怀接袁世凯电报：“闻南洋公学已罢散，能否趁此停办，或南洋另筹款”。盛宣怀即回电“南洋公学十月间诸生与教习小有口舌，旋即安静，并未罢散。现拟将译书院、东文学堂及特班、师范班全裁，商务学堂亦缓办，只留中院生六班，以二百人为度。历年节省稍有存款，故暂收束紧做，一面另行劝募。”表示即使轮、电两局停止供应经费，南洋公学也要设法办下去。
春 师范生陆续就业、升学、出国，所剩无几，师范院即停办。共办7年，除1897年第一批招生外，后续招插班生3次，培养学生如陈懋治、沈庆鸿（叔逵、心工）、朱树人、雷奋、孟森、吴敬恒（稚晖）、白毓崑（雅雨）等72人。其中不少人成为中国颇有影响的教育家、民主革命家、翻译家。
春 师范院先后任教者有总教习张焕纶，提调李维格、伍光建，数学教员陈诸藻（《代数设问》为其所译讲稿）、潘绅，物理教员陆之平，化学教员黄国英等。
5月（四月） 总理刘树屏辞职，提调张美翊兼任总理。
张美翊（1856～1924） 四品衔直隶后补知县，曾随薛福成出国考察英、法、意、比4国，历时5年。
7月（闰五月） 中院第三届毕业学生张在清等11人，附属小学第一届毕业学生吾荫墀等15人。同时举行毕业典礼，各学生班序整齐，仪文简肃，盛宣怀出席并邀请商约、电政3位大臣光临并颁奖。
9月29日（八月九日） 盛宣怀向清政府呈奏“南洋公学开办高等商务学堂折”，奏请将南洋公学上院改为高等商务学堂，并与各省会高等学堂一律，颁给毕业生出身文凭。10月9日（八月十九日）奉皇帝朱批“管学大臣议奏，钦此。”
9月29日（八月九日） 盛宣怀向清政府附奏“陈明南洋公学士习端正片”。阐明其开办南洋公学以“激发忠爱、开通智慧、振兴实业为主义”。报告了公学对学生严格要求、士习端正等情况。10月9日（八月十九日）奉皇帝朱批“知道了，钦此。”
9月29日（八月九日） 盛宣怀向清政府附奏“请给外员福开森宝星奖”。请赏给南洋公学总教习、三品顶戴福开森以二等第三宝星奖。10月10日（八月二十日）奉皇帝朱批：“著照所请”。
秋 将中院理化室改为化学试验室。迁物理仪器于上院下层西南隅一室，称物理室。
冬 因张美翊离校，派张鹤龄任公学总理。
张鹤龄（1867～1908） 清光绪进士，翰林院庶吉士，曾任京师大学堂总教习，奉天省提学司，并为张之洞、张百熙草拟“奏定学堂章程”，近代教育家。
本年 因经费骤减，译书院不得已停办。公学译书院与夏瑞芳开办的商务书局合并，建立了商务印书馆，张元济到商务印书馆主持馆务。
据公学账目记载，1897～1903年（光绪二十三年至二十九年）7年，公学总计支出规银581 000余两，主要用于建校和常年开支。此期间，前期办学经费来源稳定，比较充裕，后期趋于紧缺。
至本年 南洋公学译书院翻译东、西洋各国政治、经济、军事、教育、商务各种书籍出版者达30余种，同时教员、师范生有一批译述。其影响较大者有：《原富》、《政群源流考》、《法规大全》、《计学平议》、《战术学》、《步兵操典》、《陆军教育摘要》、《科学教育学讲义》、《格致读本》、《万国通商史》、《商务条议》、《商业实务志》、《亚东贸易地理》等。
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