3月（二月） 设西文附设科，每天课后开设英、法文等补习课，由学生自行报名选修。又设英文会，制订“邮传部上海高等实业学堂英文会章(程)”，全校学生一律为该会会员，并定期举行英文辩论或演讲比赛。
3月（二月） 唐文治致清政府出使美国大臣文，请设法收集并寄回美国98所大学的章程，以供办学参考。不久，美国各大学章程陆续寄回学堂。出使美国大臣回函，建议学堂自行向英、德等国出使大臣索要这些国家的大学章程。
春 在中院后面空地添建宿舍。在上院后面空地建电机厂，购置直流、交流发电机、电动机及各种电表，供电机专科学生实验用。
4月（三月） 全校节约膳食，捐助粮款，支援安徽灾区。
4月（三月） 由校友雷奋、黄炎培等发起的“南洋公学同学会”（简称“南洋同学会”，即校友会）成立，总会设在上海。北京、苏州、美国、法国均设分会。发行《南洋公学同学会第一次报告册》。首批会员共338人。此为最早成立的本校同学会（校友会）组织。
7月（六月） 铁路专科第二届毕业学生王绳善等13人，中学第十一届毕业学生沈宗英等72人，小学第七届毕业学生李熙谋等40人。
派铁路专科毕业生俞亮、郭鹏2人赴美国留学，王绳善、林庄、顾诒燕、盛守錱、余建复5人赴英国留学。
7月（六月） 铁路、电机两科设科长。胡栋朝辞教务长职，改任铁路科科长。聘美国教员谢而屯担任电机科科长。
购定房产，添设商船驾驶科，聘任留英归国学生夏孙鹏为科长。
夏 招收通学生（走读生），订定“校外通学生章程”8条。
8月（七月） 定“勤、俭、敬、信”4字为校训。
秋 设英文科，聘徐崇钦任科长。
秋 学生向绍洪谙于拳术，集合同志研究练习，学校技击运动从此开始。
10月 附属小学召开10周年纪念会。
聘辜鸿铭任教务长，陆勤之任庶务长。
设立木工厂。
11月（十月） 南洋劝业会在南京兴办全国运动会，学校选派代表队参加，荣获团体第二。学生黄灏奇得个人总分第一。
12月（十一月） 农工商部在南京举行南洋博览会，学校获优等奖状及金牌奖各一枚。
本年至1910年3月，学校有教员45人，其中外籍教员5人。管理人员25人。监督之下设教务长、庶务长、斋务长。设铁路、电机、航海3个科及附属中学、附属小学。
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