1941年底,太平洋战争爆发,日本占领租界,上海完全沦陷,交通大学办学步履维艰,时刻面临被日伪政府接管的危险。次年8月,重庆国民政府要求交通大学迁渝,成立国立交通大学本部,校址由小龙坎迁往九龙坡,代理校长由吴保丰出任,上海部分改为交通大学分校。为支援国家抗战,交大(重庆本部)极力拓展学科体系,至抗战结束前,已有土木、机械、电机、航空、造船和管理等6大学科9个系,形成“陆海空”齐备兼具管理的名副其实的“交通”大学。
自从我校以“交通”之名办学以来,创成陆、海、空学科体系齐备的大学,实为所有交大人的一个梦想,这一梦想终在吴保丰校长任期实现。迁校重庆后,交通大学的传统学科土木、电机、机械和管理恢复自在情理,不复困难,至1945年,除原科学学院外,已基本恢复原貌,甚至有所发展,如土木系新增水利门。问题的关键在航空和造船二科。
上世纪三十年代,我校即开航空工程教育,后机械工程学院曾设航空门,但抗战之初即停办。因抗战亟需大量航空技术人才,重庆分校特向教育部呈请“航空事业为近代国家建设之要素,本校上海总校原设航空工程系,历年造就此项人才甚多,故本分校拟于下半年增设航空工程系”,教育部欣然应允。我校遂于1942年8月设立航空工程系,分设空气动力、飞机结构和发动机三门,当年即着手招生。至1945年,航空系已有学生116名,在国内亦属较大规模。
船科的开办,当属意外之喜。1909年我校即办航海科,因种种原因,1911年离开我校成立邮传部高等商船学堂,此后我校再无船科。抗战期间,该校迁往重庆造船中心复课,改为国立商船专科学校。1941年因校长任命问题发生学潮,几经调解,未能缓解,惊动教育部。1943年教育部训令商船专科“停办,所有校产由交大接收”。这样,交大失而复得。国立商专改组,原造船科改为交大造船工程系,航海和轮机改为轮机与航海专修科。至1945年,交大船科在校生有300余人。
另外,为解决抗战对通讯技术高等人才的需求,1943年我校与重庆国民政府交通部、电信总局、中央无线电器材厂等单位合办电信研究所,培养电信技术硕士研究生,分电信、电力两学部,学制两年,1944年正式招生,由教育部授予工学硕士。
至抗战胜利前夕,交大(重庆本部)不仅形成了“陆海空管”齐备的学科体系,而且实现了专修科、本科和硕士多层次并重的培养机制。虽然当时社会历史环境极为艰险,但我校办学却完成了一次重要的历史突破,成就了名副其实的“交通大学”。