1942年8月，我校航空工程系正式成立，为国内最早设立的航空系之一。溯源我校航空工程教育，可追至20世纪30年代初，据校友回忆，1931年机械工程学院即开设有航空工程课程（Aeronautical Engineering），钱学森学长在校时曾选修了两学期三学分的该课程。1935年，我校正式设立航空门，由机械工程学院自动化门分化而出，1936年，航空门首批12名学生毕业，成为中国最早的一批航空工程人才。1937年抗战爆发，航空门停办。
抗战军兴，我校成立航空工程系着实不易，过程极其艰难。国民政府教育部除给予精神、政策支持外，经费、教学试验设备等均需自筹，创办航空系，可谓苦难重重。一方面师资短缺，众多交大校友驰援航空系，如航空系最初五位教授中，有季文美、许玉赞、马明德和曹鹤荪四位是交大校友，均为国外航空工程专业高材生，且担任国内主要航空部门工程师，具有较强专业知识和实践积累；其次，专业教材奇缺。交大重庆本部刚成立，没有图书馆，图书室藏书甚少，几位教授亲自动手编写讲义，翻译国外教材，并注重课堂节奏，授课简练，力保课堂效率；三是，经费与试验实习设备短缺，经吴保丰代校长及其他校友斡旋，航空委员会及其所属工厂捐赠我校一架飞机，一架滑翔机，三台飞机发动机及其部分航空仪表和飞机部件等，以此为基础，创建实验室和实习室，开出试验、实习课程。
航空系时间虽短，教学资源较为缺乏，但教风严格、学风扎实，深得老交大传统熏染，重视数学和力学等基础课教学，结合航空教育特点，积极引进工程数学和分析力学等前沿课程。坚持与时俱进，结合国际航空前沿科技，不断创新课程内容，调整课程设置，以保证航空教育的国际化水准。
交大师生攻坚克难，众志成城，至抗战前夕，已成为当时国内航空工程教育规模最大学校之一，教育水平位居国内前列。至1952年院系调整之际，我校航空工程专业已培养毕业生169名，其中佼佼者有“航天之父”钱学森，新中国航空工业和航空科研的创建人、原航空部副部长徐昌裕，“旧金山中国飞机制造厂”总设计师、美国阿波罗登月计划的主要参与者胡声求，新中国首任飞机总设计师、“歼八”飞机的开拓者黄志千、中国第一颗人造地球卫研制星的主要领导者杨嘉樨，中国第一枚火箭设计主任工程师潘先觉等。另有中国科院院士谈镐生、庄逢甘，中国工程院院士杜庆华、屠基达，中科院外籍院士吴耀祖，两院院士顾诵芬等。
我校航空工程教育人才辈出，被誉为“中国航空航天事业人才的摇篮”，为中国的航空航天事业做出了巨大贡献。据统计，在《中国大百科全书》（2014版）“航天航空卷”所列航空代表人物57人中，有我校校友钱学森、季文美、曹鹤荪、顾诵芬等15位，超过总数1/4，为国内大学之最。
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