1937年6月，经朋友杨永年介绍和福建省长陈仪邀请，侯宗濂到福州创办福建省立医学专门学校（福建医科大学前身）并任校长，因抗战又迁校至沙县。他广揽医学人才，将生理学研究带到福建，倡导教授组织学生科研小组进行科研并出版科研论文集，邀请从西北联大辞职的皮肤性病学教授蹇先器及内科学教授陈礼节、儿科学教授厉矞华夫妇等到福医工作，在建校5周年之际编辑出版科学论文专集。1943年2月调任福建研究院院长。
1944年5月30日接任国立西北医学院院长并于8月上任视事，同时兼任附属医院院长。他留聘师资力量并力促稳定发展，1944年冬将附属医院迁往汉台，医学院本部迁至文家庙。经教育部批准，1945年初将兰州西北医学专科学校改为西北医学院兰州分院，他兼分院院长，西北医学院拟做迁兰准备。抗战胜利后西北医学院复校北京受阻，迁兰不成，1946年8月并入国立西北大学并迁回西安（兰州分院并入兰州大学）。他于1947年5月17日辞任西北大学医学院院长，因咳血受阻，回东北任教未成，遂迎来西安解放。
他于1950年4月被教育部任命为西北医学院代院长，1954年被中央人民政府任命为院长。他承担着繁重的行政领导工作，仍继续着30年代初在奥地利对法国Lapicque院士提出的兴奋时值的质疑，提出用“标准时值”作为测量兴奋性的指标，论证了用Weiss式中的常数a作为兴奋性的指标更为恰当。经过实验和理论研究，证明标准电量a是反映兴奋性的指标，在电量达到a时就产生峰电位，也就是产生了一些可以扩布的兴奋，因而它必然是兴奋性的指标，而且也是促使产生兴奋的动力。经对Lapicque院士演算的纠正，结束了统治生理学界半个世纪多的Lapicque时值概念。他把刺激强度、作用时间和强度变化两两配对成面，三个面按阈值概念构成阈立体，在三维空间上揭示刺激三要素的内在联系。
1963年3月10日，毛泽东主席接见参加全国医学科学十年规划会议代表时与侯宗濂院长（前右二）握手
1965年国家科委批准他组建普通生理学研究室。1972年开始针刺镇痛原理的研究，通过对合谷区穴位感受器的形态学研究，首先肯定了穴位针感感受器主要是深部感受器，其感受器很大可能是肌梭。根据穴位所处结构环境不同，针感感受器可分为五类：在肌肉丰厚处的穴位感觉器以肌梭为主，在肌肉与肌腱接头处的穴位以腱器官为主，在肌腱附近主要以环层小体为主，在头皮处穴位以游离神经末梢为主，在关节处则以慢适应感受器为主。而针感冲动和针刺镇痛的冲动传入纤维是一致的，且主要是细纤维。穴位肌电是肌梭放电。这些研究成果的取得和相关人才的培养，为我国特有的针感生理学奠定了基础。
他于1956年被评为国家一级教授；担任全国第三、五、六届人大代表，全国政协第二、三届委员；陕西省人大第五、六届常委会副主任，陕西省政协第二至四届副主席；1978年应邀出席全国科学大会，两项课题荣获全国科技大会奖；1979年主编《中国医学百科全书·生理学分册》。
侯宗濂教授1992年3月17日逝世，遵其遗嘱：骨灰一半葬于我校医学部，另一半葬于福建医科大学。
参考文献：
1、西安医学院：庆贺侯宗濂教授从事生理学工作六十五周年文集（1985.5）；
2、荀元虎：“疑”的思考……——记著名生理学家侯宗濂教授（1983.5）。
图片提供：医学部 刘国强
作者：医学部二附院 杨 龙
编辑：星 火
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