1月11日(光绪三十年十一月二十四日) 张美翊总理为公学移交事呈文盛宣怀,并附送了复商部函,呈报公学历年办理情形,还附有:各项简明清册(含基地产、办事人员姓名、薪水,出洋游学生姓名、经费,并附北洋大学堂留学生姓名、经费,中、上院各班学生姓名,高等小学堂学生姓名,师范生姓名,在外游学办事学生姓名)共8本,上、中院现行章程、高等小学堂章程各1本,回复了商部所有询问。
1月13日(十一月二十六日) 盛宣怀复函张美翊总理,认为呈复商部函以及公学历年办理情形,造具各项清册、章程等办理尚为详实,请呈送商部核办,以便移交。
3月16日(二月十一日) 商部具奏“南洋高等商务学堂归并本部,改办上海高等实业学堂,派右参议杨士琦为监督”一折,同日皇帝朱批:“依议,钦此。”从此,南洋公学正式改名为上海高等实业学堂。盛宣怀即卸去南洋公学督办职务。
3月(二月) 商部派王清穆核收南洋公学各项文卷、册籍、文卷目录、关防、地基图和经费,公学现存余银103 000余两。并经盛宣怀批准,同意张美翊销差回故里医治眼病。杨士琦担任学堂监督,总理、提调职务自此废除。
杨士琦(1862~1918) 清同治举人,先后入李鸿章、袁世凯幕,曾总办关内铁路事宜,1905年春~1906年春任上海高等实业学堂监督。
4月4日(二月三十日) 盛宣怀向清政府呈奏“南洋高等商务学堂移交商部接管并历年办理大概情形折”,报告南洋公学筹建、扩充和奏改南洋高等商务学堂情况和开办8年来所取得的成绩。说明该学堂先后出洋者有50余人,进国外大学攻读专门无须预备,留学回国者或任京师大学堂教员,或任北洋译员,或办两广学务。已将学堂办学章程和各类清册送商部查照接收等。4月12日(三月初八)奉皇帝朱批“知道了,钦此。”
4月4日(二月三十日) 盛宣怀还附奏了“请奖南洋公学教员片”,对公学总理张美翊、教员张天爵评价甚高,因其淡于荣利,不敢邀奖。建议奖励教员程一鹤、赵玉森、沈庆鸿、林祖溍、陈伯涵、冯琦、胡诒谷、陈懋治等。并授外国教员薛来西、勒芬迩、乐提摩3人三等第一宝星。4月12日(三月初八),朱批“该部议奏,单并发,钦此”,在两个清单上各朱批了“览”字。
4月8日(三月初四) 商部奉旨发“上海高等实业学堂监督关防”木质印章一颗,同日启用。
春 学堂始设教务长、斋务长、庶务长。第一任教务长为伍光建(在任半年),第一任庶务长为唐浩镇。
夏 中院(即高等预科)第五届毕业学生夏孙鹏等10人。派夏孙鹏、沈宏豫、徐恩元、任家璧、秦铭博、周善同、周承裕、林汝耀、孙家声、张铸10人赴英留学。
秋 杨士琦进京,由王清穆代任监督半年。
王清穆(1860~1941) 清光绪进士,曾任户部农曹兼译署行走、商部右参议,曾创办上海商会。
秋 冯琦代任教务长。
冬 中院(即高等预科)第六届毕业学生林则蒸等13人,全部升入新设的商务专科。
至本年 1896~1905年,南洋公学共派遣出国留学生55人。
1898~1905,南洋公学自1898年购定校址后,先后建成中院,上院,监院、总理住宅各1所,教职员住宅3所,养息所1所,校门牌楼及校门口木桥,并在上院、中院前建一个大操场以及铺了2公顷草地。此外,水电设备、马路阴沟、车房等也陆续完工,并布置校园,种植树木,建音乐亭等。使学堂初具规模。