1946年（民国三十五年）
1月初 国民党政府取消“伪学生”决定，改称原交大沪校为临时大学第一分校。
1月6日 学校举行临时教务会议，议决临大与交大合班上课。成立交大校务暂组委员会，推举陈大燮、曹鹤荪、王达时、祝百英等教授负责恢复工作，直至校长或教务长来沪。交大校务暂组委推定交大教务由陈大燮教授负责，临大教务由裘维裕、钟兆琳教授负责。
2月2日 工程师学会上海分会在交大工程馆召开年会，工学院三四年级学生停课参加。
2月初 吴保丰校长到校。
2月13日 在共产党的统一领导下，上海6所高校学生为了争取反“伪学生”斗争的完全胜利，组织起来向蒋介石请愿。当天晚上8﹕00余，交大学生全部集合参加了6所高校学生游行行列，直向东平路蒋介石住宅出发。游行队伍到达蒋介石住宅与反动军警对峙了一个通宵，至翌晨始返校。
2月17日 交通大学教授会成立，教授会推举陈石英、裘维裕、陈大燮、钟兆琳、王达时、祝百英、潘承梁7人为理事，曹鹤荪、季文美、陈湖为候补理事。吴保丰校长主持召开第一次会议，通过了教授会章程。决定设立教职员聘任委员会等3个委员会。
2月 交大徐家汇部分校舍仍被国民党驻军占据，在师生力争后才答应限期撤离交大。
3月8日 全校女同学参加纪念“三八妇女节”群众大会。
4月3日 教育部来文要求呈报“伪国立交通大学教职员名册”及“伪国立交通大学未附逆教职员名册”送甄审委员会审查。
4月上旬 因物价飞涨工教人员待遇菲薄，交大教授议决停教，后上海各大学全面停教，斗争直至5月上旬结束。
5月 完成复员工作，正式宣布交大渝校结束。学校在沪正式恢复“国立交通大学”校名。
6月7日 交大召开第一次班级代表和社团负责人联席会议，成立“救灾运动委员会”，呼吁反对内战。
6月15日 《文汇报》刊登了交大学生自治会关于救灾、反内战的决议，上海市各大、中学校纷纷响应，在地下党组织领导下，学生救灾、反内战运动开展起来。
学生穆汉祥等发起成立学生进步团体“知行社”。
6月18日 上海学联发表“挽救国家危机，呼吁和平宣言”，推动了反内战斗争的开展。
6月23日 上海学生代表在南京被打，国民党撕碎了假和平外衣。奉上级指示，交大党支部决定将公开的、集中的运动转为分散的、深入的斗争。并对学校100多个社团进行了分析，积极作好学生自治会改选工作，以适应新的斗争形势。
6月 “上海临时大学第一分校”并入交大。学校恢复工学院、理学院、管理学院的建制，正式上课。
6月 由于国民党政府制造的分歧，学生暂时仍分班上课，分开住宿，仍设交大、临时大学两个学生会。
6月 国民党加紧内战，从6月份起上海等地实行警察管理制度，大量封闭报纸、刊物、内战迫在眉睫。
7月7日 占驻交大校舍的国民党军队全部撤出。
7月 全校应届毕业学生226人。在校学生人数3 050人。
7月 学校召开系主任会议，通过“助教工作规定”和“助教每月工作考核的规定”。
10月2日 学校己奉令于1946年度恢复理学院及所属数学系、物理系、化学系。理学院随即修订数、理、化3个系的课程并添置一二年级物理实验仪器。
10月4日 教育部批准工业管理学系列入工学院。
11月10日 教务会议讨论了学生因功课不及格而补考、留级、退学的处置办法。重申：（1）学生学期成绩不及格科目的学分总数不满1/3者得补考，补考不及格重读，仍不及格退学；（2）学生学期成绩不及格科目的学分总数超过1/3以上者应令留级；（3）学生学期成绩不及格科目的学分超过1/2以上者应令退学。
12月14日 由美军暴行引起的“北大沈崇事件”，导致全国性抗暴运动爆发。交大学生成立民主抗暴委员会，向各界人民发表“抗暴宣言”。
12月17日 接教育部密令，要求切实防范所谓共产党情报人员，进一步加强了对学校的控制。
12月 教育部11月4日下令停办交大轮机、航海两科，移入吴淞商船专科学校。
工学院机械工程系主任陈大燮辞职，由黄叔培接任。
本年 恢复纺织工程系，聘陈维稷为系主任。并拟添设化学工程系、水利工程系，聘徐芝纶为水利工程系系主任。3个系均招收一年级新生。
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